Vlada Crne Gore, na sjednici od 02.07.2009. godine, donijela je Odluku o osnivanju Agencije za civilno vazduhoplovstvo (Sl. list CG br. 45/09), kojom je, na osnovu člana 5 stav 1 Zakona o vazdušnom saobraćaju (Sl. list CG br. 66/08), osnovana Agencija za civilno vazduhoplovstvo radi obavljanja poslova od javnog interesa iz oblasti vazdušnog saobraćaja.

Do donošenja Odluke o osnivanju Agencije za civilno vazduhoplovstvo poslove iz oblasti civilnog vazduhoplovstva obavljala je Uprava za civilno vazduhoplovstvo, kao organ državne uprave, koja je prestala sa radom danom stupanja na snagu  navedene odluke. Agencija za civilno vazduhoplovstvo preuzela je osnovna sredstva, postojeću dokumentaciju i zaposlene od  Uprave za civilno vazduhoplovstvo.

Agencija ima svojstvo pravnog lica i za razliku od Uprave za civilno vazduhoplovstvo, kao svog pravnog prethodnika, ne vrši poslove inspekcijskog nadzora jer joj posebnim zakonom nijesu prenijeta javna ovlašćenja u vršenju poslova upravnog nadzora, koji obuhvataju i inspekcijski nadzor. Naime, odredbama Zakona o vazdušnom saobraćaju propisano je da Agencija vrši stručni nadzor koji sprovode vazduhoplovni nadzornici dok poslove inspekcijskog nadzora vrše inspektori vazdušnog saobraćaja Ministarstva saobraćaja, pomorstva i telekomunikacija, koji za razliku od vazduhoplovnih nadzornika imaju sva ovlašćenja utvrđena Zakonom o inspekcijskom nadzoru.

Agencija je samostalna u obavljanju poslova iz svog djelokruga, a za svoj rad odgovara Ministarstvu saobraćaja, pomorstva i telekomunikacija i Vladi, kojoj podnosi godišnji izvještaj o radu, uz mišljenje Ministarstva.

Organi Agencije su Savjet Agencije i direktor Agencije. Predsjednik i članovi Savjeta Agencije imenovani su u julu 2009. godine, a Savjet Agencije imenovao je, uz saglasnost Ministarstva, direktora Agencije, 14.09.2009. godine.

Unutrаšnjа оrgаnizаciја i nаčin rаdа i rukоvоđenjа u Agenciji uređeni su neposredno nakon osnivanja Agencije, u cilju оbezbijeđivanja zаkоnitоg, stručnоg, efikаsnоg i rаciоnаlnоg vršenja pоslоvа i zаdаtаkа od javnog interesa za Crnu Goru u oblasti vazdušnog saobraćaja utvrđenih Zakonom o vazdušnom saobraćaju, zaključenim međunarodnim ugovorima, propisima Evropske Unije i pravilima i standardima koji se odnose na sigurnost i bezbjednost u vazdušnom saobraćaju.

Članstvo u međunarodnim organizacijama